Образован постановлением Президиума Кабардино-Балкарского областного исполкома от 28 января 1935 года на базе части Балкарского района.
В него вошли: сельсоветы Былым, Верхний Баксан, Гунделен, Лашкута, Нижний Баксан, Эльбрус.
Районный центр - селение Гунделен (временно).
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 8 апреля 1944 года юго-западная часть района передана в Верхне-Сванетский район Грузинской ССР.
В 1944 и 1947 годах из Баксанского района в Эльбрусский район передан ряд населенных пунктов.
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 26 мая 1955 года району передана территория Иалбузского сельского Совета из Клухорского района Ставропольского края.
Упразднен на основании Постановления Президиума Верховного Совета КБАССР от 20 декабря 1962 года с передачей территории во вновь образованный Баксанский сельский район и подчинение Тырныаузского городского Совета.
Восстановлен как Эльбрусский административно-территориальный район Постановлением Парламента КБР от 5 мая 1994 года на территории упраздненного Тырныаузского городского Совета.
Постановлением Парламента КБР от 11 января 1995 года из Баксанского района сюда передан ряд населенных пунктов.
