Образован на основании постановления ВЦИК от 30 сентября 1931 года на базе Баксанского округа.
Постановлением Президиума ВЦИК от 29 декабря 1937 года часть территории передана во вновь образованный Кубинский район.
В 1944 и 1947 годах ряд населенных пунктов передан в Эльбрусский район.
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 2 ноября 1956 года в район передана территория упраздненного Кубинского района.
Преобразован Постановлением Президиума Верховного Совета КБАССР от 20 декабря 1962 года в Баксанский сельский район на базе Баксанского, Чегемского и Эльбрусского районов, за исключением ряда населенных пунктов.
Преобразован Указом Президиума Верховного Совета КБАССР от 12 января 1965 года в Баксанский район на базе части Баксанского сельского района.
Постановлением Парламента КБР от 11 января 1995 года ряд населенных пунктов передан во вновь образованный Эльбрусский район.